Иоанно-Богословская церковь является архитектурным памятником федерального значения. Первоначально здание церкви в Стрелецкой слободе было деревянным. Предположительно, церковь Иоанна Богослова существовала с 1600 года, ещё до того, как был основан город. На сегодняшний день церковь является старейшим сохранившимся зданием на территории Республики Мордовии.

Каменный храм построен ориентировочно в 1693 году на дальней западной окраине города, в стиле «нарышкинского барокко». Старейшее сохранившееся здание города Саранска и Мордовии в целом. В 1711 году к основному зданию храма были пристроены трапезная и колокольня. В последующие десятилетия он был дополнен двумя приделами. До настоящего времени здание, к счастью, не претерпело заметных изменений архитектурного облика. В записках священника-краеведа Алексия Масловского об этой церкви сообщается, что в 1873 году при снятии с престола покрова в престольной доске найден антиминс из толстого холста, отмеченного датой 1600 года, без патриаршей подписи, но с указанием наименования храма – Иоанно-Богословский. Кроме того, одна из храмовых икон – образ Благовещения Пресвятой Богородице – был датирован тем же 1600 годом. Из этого следует вывод, что стоявшая неподалеку от этого места более древняя деревянная церковь, в 1824 разобранная и перевезенная в село Маколово, была построенная первопоселенцами в первые годы существования Саранской крепости, и имела то же наименование, что и настоящий храм. Исследователь истории Саранска профессор И.Д. Воронин выдвинул версию, согласно которой на этом месте еще со времен царя Иоанна Грозного в лесу существовало русское поселение, которое называлось Ивановым или Богословским, жители которого и построили самую первую церковь во имя святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова.

До революции при Иоанно-Богословской церкви имелось 113 десятин пашенной и лесной земли. Богослужения вел один штат церковно- и священнослужителей. Рядом с храмом в собственном доме на улице, в честь храма именовавшейся 1-й Богословской, жил протоиерей Димитрий Иоаннович Охотин.

Храм был закрыт для богослужения в начале 30-х годов XX века. Через несколько лет, по настоятельным просьбам верующих, его вновь открыли, но опять закрыли в феврале 1938 года из-за того что, якобы, «церковь пришла в ветхое состояние, что грозит обвалом». В 1946 году церковь была опять открыта (благодаря письму прихожан в адрес союзного правительства) отреставрирована и заново расписана. К этому времени она стала соборной, поскольку оставалась единственной действующей в Саранске.

С момента образования самостоятельной Саранской и Мордовской епархии (1991 г.) и до освящения нового Кафедрального собора (2006 г.) Иоанно-Богословский собор был кафедрой правящего архиерея епархии.

В 2002 году на территории прихода построено 2-хэтажное здание духовно-просветительского центра, на первом этаже которого находится крестильная церковь, освященная в честь Богоявления Господня 20 января 2003 года.

Главный престол храма освящен во имя святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова, правый престол – в честь Благовещения Пресвятой Богородице, левый – во имя святителя Николая Мирликийского чудотворца. В храме находится чтимый список с чудотворной Владимирской иконы Божией Матери, датируемый XVI веком.